一之瀨寶太郎等人繼續搜索人工生命體「基米」，途中意外遇上浮世英壽等人，一起對抗再次現身的邪魔徒。此時，Level 10的最強基米「X巫師」突然現身，使出不可思議的魔法，將櫻井景和等人變成基米！不光如此，另外五隻Level 10最強基米，以及與幪面超人GEATS樣貌相似的「GEATS基米」亦一同出現！異常事態接踵而來，為了解除魔法，兩隊人馬決定各自分組，挑戰「最強基米捕捉遊戲」！

到底遊戲背後藏了怎樣的秘密？來歷不明的「GEATS基米」又有何隱情？幪面超人葛查多與幪面超人GEATS最終能否跨越多重難關，勝出遊戲？