故事回到盤古初開，一群黃色粒粒逐漸演化成可愛的「迷你兵」，他們一直以效力大壞蛋為生存目標！然而暴龍、法老王、拿破崙、甚至是德古拉伯爵，統統盡墨。找不到合格的邪惡主人，強大的迷你兵團頓變一盤散沙，生活完全失去方向……此時，迷你兵大哥哥加分、反叛的小小超和趣緻的阿卜決定要走遍世界，踏上征途尋找新主人─世界上首個超級女壞蛋Scarlet Overkill，真正的冒險才正式開始……