本作是由 TV 版第 25 話與最終話的重新製作所構成的兩話內容。第 25 話〈Air〉：在人為的第三次衝擊失敗後，SEELE 對 NERV 發動了攻擊。在危急關頭中，明日香確認了母親和自己的存在後，復活並開始反擊。然而，新的敵人從天而降。第 26 話〈真心為你〉：真嗣登上初號機後，看到的是明日香的貳號機殘骸。量產型機體環繞著初號機，舉行了莊嚴的儀式。人類補完計畫到底是甚麼？