受到第二次衝擊的創傷之後，第4使徒攻擊了第3新東京市，人類的命運被交付到特務機關NERV手中。少年碇真嗣被迫駕駛EVA初號機，他和零號機駕駛員綾波麗一起負責作戰，但是EVA初號機受到第6使徒的破壞。葛城美里制定了一個計畫，將日本所有電力集中至EVA初號機的陽電子砲來擊敗使徒。