在已被徹底探索殆盡的世界裡，名為「深淵」的大洞是碩果僅存的祕境。
這個深不見底的巨大垂直洞穴中，不僅棲息著各種稀奇古怪的生物，還沉睡著現今人類所做不出來的珍貴遺物。
「深淵」那處處充滿不可思議的神祕樣貌，吸引人們前仆後繼地前去冒險。漸漸地，大家開始將那些一次次挑戰大洞的冒險者們稱為「探窟家」。

孤兒莉可住在深淵四周的城鎮「奧斯」，她夢想著有朝一日成為和母親一樣偉大的探窟家，並一解深淵之謎。
某天，她母親萊薩的白笛被人發現，讓莉可因此下定決心要潛入深淵的深處。
而她撿到的失憶機器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定與她同行。

莉可在深界四層因為穿珠的毒而命在旦夕，拯救她的是名叫奈奈祈的慘劇終末。
奈奈祈加入之後，三個人繼續前往彭多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，他們遇見了名叫普魯修卡的女孩。由彭多爾多撫養長大的她對外界一無所知。
普魯修卡深深著迷於莉可的冒險故事，並希望能和莉可一起冒險，然而她卻慘遭彭多爾多利用，被拿來做實驗。
不過，普魯修卡後來改變形體，變成莉可的白笛，與她一同朝深界六層「不歸之都」前進。
位在那裡的「慘劇終末的村子」，是擁有自己一套價值觀的慘劇終末們所生活的地方，而他們的公主法普妲也生活在那裡。
在法普妲的「願望」之下，獲得解放的村子走向了毀滅。
莉可一行人邀請法普妲加入旅途，繼續朝著深界七層邁進。